Отправляя войско в третий поход в Югорскую землю, власти преследовали несколько целей: покорение сохранявшего независимость Ляпинского княжества, наказание пелымцев, не плативших дани, а также необходимость демонстрации силы бывшим союзникам Москвы — тюменским ханам, которые стали проявлять чрезмерную активность в Поволжье.
Летом 1499 г. ратные силы стали собираться в Пустозерском остроге.
Пустозерский острог — укрепленный пункт, построенный отрядом воеводы Петра Ушатого в 1499 г. у оз. Пустое в низовьях Печоры (ныне территория Ненецкого автономного округа). До 1780 г. был административным центром Печорского края. Место ссылки и казни протопопа Аввакума.
Всем экспедиционным корпусом командовал князь Семен Курбский, в походе участвовали отряды воевод Василия Гаврилова Бражника-Заболоцкого, а также вычегжане, вымичи и сысоличи во главе с вымскими князьями Петром и Федором Васильевичами.